Комитет по контролю за наркотиками создан 23 марта 1993 года решением Совета национальной безопасности при Президенте Украины, зарегистрирован Международным комитетом по контролю за наркотиками ООН, как специально уполномоченный компетентный орган в сфере контроля за оборотом в Украине наркотических средств, психотропных веществ и прекурсоров, и является составной частью международной системы контроля за оборотом подконтрольных веществ, которая закреплена рядом Конвенций ООН.

Постановлением Кабинета Министров Украины от 11.09.2003 №1446 Комитету по контролю за наркотиками предоставлен статус правительственного органа государственного управления в составе Министерства охраны здоровья Украины.